1、两种制度制定的宗旨不同：
《技能实习制度》的宗旨是向发展中的地区转移日本的技术、技能和知识，协助培养发展中地区的经济发展所需要的各种人才。
但是，技能实习不是作为劳动力供需调整的手段。技能实习生作为劳动者和日本劳动者一样适用日本劳动法并受劳动法保护。
《特定技能制度》的宗旨是为对应以中小企业为主的劳动力严重不足，为致力于提高生产率；确保国内人才，在确保人才有困难的产业领域内构筑接受有一定专业知识和技能的外国人的组织体系。
日本实际上是劳动力非常缺乏的国家，从两种制度的宗旨来看，《技能实习制度》还在强调接受技能实习生的目的是为了向发展中地区、国家转移技术、知识；为发展中国家、地区培养经济发展所需要的各种人才；不承认是为了解决日本国内劳动力严重缺乏的问题；而《特定技能制度》已经承认日本的中小企业劳动力缺乏，为确保提高生产率和国内人才，在一些人才缺乏的产业领域内接受有一定专业知识和技能的外国人才；而且还要考虑不要在大都市等一些人才过于集中的地区，在一些人才不足的地区接受外国技能人才。
2、两种制度所持有的在留资格不同：
《技能实习制度》的在留资格是《技能实习》；
《特定技能制度》的在留资格是《特定技能》；
3、两种制度规定的在留期间不同：
《技能实习制度》是技能实习1号：1年以内；技能实习2号：2年以内；技能实习3号：2年以内；合计最长5年。
《特定技能制度》通算是5年；
4、两种制度对接受外国人的技能水平要求不同：
《技能实习制度》对接收外国人没有技能要求；
《特定技能制度》对接收外国人要求有一定的专业知识和技能；
5、两种制度规定的入国考试不同：
《技能实习制度》没有入国考试要求；
《特定技能制度》要求日语水平、专业知识、技术技能要通过日本政府认定的机构考试并合格（技能实习2号结束表现良好的实习生可以免除考试）；
6、两种制度要求国外派出机关不同：
《技能实习制度》要求有外国政府认可并推荐的派出机关。
《特定技能制度》没有派出机关要求。
7、两种制度要求监理团体不同：
《技能实习制度》要求有经日本法务大臣认可的监理团体；像接收组合、接受商工会等；
《特定技能制度》没有要求设立监理团体要求；
8、两种制度要求的支援团体不同：
《技能实习制度》没有支援团体要求；
《特定技能制度》有支援团体要求；
9、两种制度规定的转籍或再就业不同：
《技能实习制度》原则上不能转籍或跳槽再就业。除非接受企业倒闭在不得已的情况下通过接收组合办理转籍，不允许个人转籍或跳槽；个人私自转籍或跳槽，属违法行为。
《特定技能制度》规定只要在相同工种之间可以跳槽换企业。
10、两种制度规定的工资待遇不同：
《技能实习制度》是执行当地法定最低工资；
《特定技能制度》是执行和日本人同工同酬；
11、两种制度规定的接收人数不同：
《技能实习制度》规定接收会社接受实习生的人数和会社正式员员工数有关，按一定比例接收；
《特定技能制度》接收人数没有规定，按会社需求接收；
12、两种制度规定的可以接受的行业工种不同：
《技能实习制度》有81个行业可以接收技能实习生；
《特定技能制度》仅限于14个行业可以接收特定技能。
